Système où des organismes vivants interagissent avec leur environnement physique.
Les limites de ce qu'on peut appeler un écosystème sont assez arbitraires et dépendent de ce qui retient l'attention ou du thème de l'étude. Ainsi, un écosystème peut se limiter à un espace très réduit ou s'étendre à toute la Terre.
L'écosystème aquatique, par exemple, est généralement décrit par : les êtres vivants qui en font partie (la biocénose), la nature du lit, des berges, les caractéristiques du bassin versant, le régime hydraulique, la physicochimie de l'eau (le biotope)... et les interrelations qui lient ces différents éléments entre eux.
Un tronc d'arbre en décomposition est un micro-système, un océan est un macro-système.